Bei der Auswahl der Zertifizierer befindet man sich grundsätzlich in mehreren Schwierigkeiten. Ein Kriterium sind sicher die Kosten. Aber die Bandbreite des Marktes lässt diese Unterschiede insgesamt gering erscheinen, da in der Entwicklungsphase des Handbuches und der Verfahrensanweisungen in der Regel die höheren Aufwendungen anfallen, insbesondere wenn man die internen Kosten berücksichtigt.
Wichtiger ist demnach, die Qualität des Zertifizierers zu erkennen. Neben wenigen großen Gesellschaften gibt es zahlreiche kleine, die vielfach Spezialisten in bestimmten Segmenten sind. In diesen Fällen ist die Entscheidung oft einfach. Vielfach begründet die Qualität auch den Ruf des Zertifizierers, der für den Auswählenden schon deshalb wichtig ist, da seine Kunden der Zertifizierung auch Anerkennung zollen sollen.Grundsätzlich sind DIN-EN-ISO-Zertifizierungen international gültig.
Daher kann auch eine ausländische Gesellschaft in Deutschland und eine deutsche im Ausland auditieren und zertifizieren. Insoweit sind vertragliche gegenseitige Anerkennungen gelegentlich ein weiteres Entscheidungskriterium. Da aber weltweit die Maßstäbe der Akkreditierer nicht ausreichend harmonisiert sind, also von Land zu Land große Unterschiede bestehen, ist noch lange nicht jeder, der als Zertifizierer akkreditiert ist, für jedes Projekt geeignet. Zertifizieren ist zum Markt geworden, in dem z.T. mit recht unkonventionellen Methoden agiert wird.